Keďže Košická univerzita tvorila jeden celok s jezuitským kolégiom, písomnosti kolégia sú zároveň prameňmi k poznaniu dejín univerzity.
Rozsahom najväčší súbor písomností je uložený v Maďarskom národnom archíve (Magyar Nemzeti Levéltár, Országos Levéltára) vo fonde Acta Jesuitica, ktorý obsahuje 20 fasciklov.
Písomnosti z činnosti univerzity po zrušení rehole (1773 – 1777) sa nachádzajú v Archíve Košickej arcidiecézy (Archivum Archidioecesis Cassoviensis). Tento súbor prameňov nie je rozsiahly, nájdeme tu však inventáre kolégia a jednotlivých zariadení spísané po zrušení jezuitského rádu, korešpondenciu, alebo evidenčné hárky profesorov a študentov.
Menší súbor písomností sa nachádza v Archíve jágerského arcibiskupstva.
V Archíve mesta Košíc sa písomnosti k dejinám univerzity nachádzajú vo viacerých fondoch. Najvýznamnejším prameňom je matrika učiteľov a študentov Košickej univerzity (Catalogus studiosorum almae ac episcopalis academiae Cassoviensis SJ). Vo fonde Missiles sú uložené pramene týkajúce sa komunikácie medzi mestom a jezuitským kolégiom.